网站栏目和产品分类设置不合理的综合问题。B2B网站结构看起来简单，无非是供应信息、求购信息、产品库、企业库等主要栏目，以及每个栏目下对不同行业、不同产品类别的分类，将相应的信息发布到相应的分类中。但实际上，B2B网站分类方法对于网站的整体优化状况是至关重要的，因分类目录不合理将造成用户难以获取网站信息、搜索引擎忽略二级栏目及二级栏目中的信息，以及网站PR值低等综合问题。
大量新发布的信息无法被搜索引擎收录。随着供求信息发布量的增加，大量新发布的信息在不断滚动更新，但很多新的信息还为等到搜索引擎收录就已经滚动到多层次目录之下，而由于网站结构层次设计不合理的原因，即使全部网页都转化为静态网页，仍有可能造成信息无法被搜索引擎收录。
动态网页的制约因素。领先的网站早已经过网站优化改造实现了全部信息的静态化处理，但B2B网站发展到今天，仍然有大量网站采用全动态网页技术，甚至主栏目和二级栏目都是动态生成，这样的动态网站已经无法在搜索引擎自然检索结果中获得任何优势，即使网页被搜索引擎收录，也难以获得比其他同类内容的静态网页有任何优势，其结果是，通过搜索引擎自然检索带来的访问量越来越少。
网页标题设计及网页内容的相关性问题。在一般由网站维护人员编辑内容的网站中，网页标题的设计以及网页标题与网页内容的相关性问题可以得到比较好的控制，但在用户自行发布信息的B2B行业网站，网页标题设计不专业以及与网页内容相关性不高的问题比较突出，其后果是不仅供求信息内容网页在搜索引擎中没有竞争优势，甚至可能影响整个网站的表现。
而网页标题设计的问题，则需要提高B2B网站维护人员自身专业水平的同时对用户发布信息进行引导。除了极个别行业领先的B2B网站之外，绝大多数网站都没有合理的解决这个问题，甚至可能还没有引起网站管理人员的重视。
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B2B电子商务网站优化中还有很多形形色色的问题，除了网站优化中没有考虑到的网站基本要素外，还有的是B2B网站技术人员自己在摸索着进行网站搜索引擎优化因为不当的操作所造成的种种问题，很多问题日积月累已经成了疑难杂症，不仅没有达到网站优化的目的，反而让网站出现更多的问题。
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